蛋白酶，如木瓜蛋白酶、堿性蛋白酶、胰酶等,可高效酶解乳清蛋白，得到小分子乳清蛋白肽，它具有多種生理活性功能。經(jīng)過水解的乳清蛋白同時也降低了其過敏性。在乳清蛋白生產(chǎn)過程中，蛋白酶的選擇和使用條件等因素都會影響水解的效果。

酶的種類是影響酶解產(chǎn)物生物活性的重要因素之一。不同的酶由于其酶切位點的不同而對乳清蛋白的水解度和產(chǎn)物性質(zhì)等產(chǎn)生不同的影響。復合酶解法是采用兩種及兩種以上的蛋白酶對蛋白質(zhì)進行限制性水解。與單一酶的酶解相比，復合酶解法提高了蛋白質(zhì)的水解率，不僅能夠改善其乳化性、起泡性等性能，而且得到的乳清肽更易于被機體吸收、轉(zhuǎn)運和利用。